2006年7月5日,医院成立感染科，病区设在医院内科大楼西,2021年12月重新修建，现为四层楼房,病区均设有三区两通道，即清洁区，半污染区，污染区，医务人员通道和病人通道，有明确划分及醒目的标识，科室除感染科门诊外，尚承担着发热门诊、核酸采集、结核门诊、肠道门诊及发热病区等工作。设固定病床48张，全科现有工作人员15人,其中副主任医师1人，主治医师2人，住院医师2人，主管护理师3人，护师5人，护士1人。设有门诊、住院病区，拥有专门的感染病区，按照疾病种类分区收治病人，病房设施较齐全。
门诊接诊常见多发呼吸道和消化道传染病人，对各种发热性疾病和病因进行筛査、鉴别、诊断与处理, 参与全院严重疑难感染性疾病和发热病例的会诊, 提出处理意见建议, 并参与院内传染性疾病的筛査与转诊, 对某些特殊性感染、复杂性感染和难治性感染性疾病有一定诊疗经验，在参与诊治和疫情防控及防止传染疫情的扩散中发挥了重要作用。感染性疾病科是医院临床一级科室，通过医护人员十余年的共同努力，已发展成为我县感染性疾病诊断、治疗、科研中心，为大通县感染性疾病的防治工作做出了重要贡献。
诊疗范围：各型病毒性肝炎、药物性肝炎、肝硬化及其各种并发症；各种肺结核、结核性胸膜炎、结核性脑膜炎、结核性腹膜炎等；流行性腮腺炎、猩红热、风疹、麻疹、手足口病、水痘、细菌性痢疾等。