大通县中医院脾胃病科，为“国家农村地区特色重点专科”、“青海省特色重点专科” 、“西宁市中藏医名科”，2019年加入国家消化道早癌防治中心联盟，为“国家癌症防治中心上消化道癌早诊早治项目”实施科室、“中国消化道早癌医师共同成长计划”实施科室、“国家消化道早癌防治中心联盟”成员科室、青海省消化病研究中心分中心，有“西宁市中藏医名医”2名。
科室成立于2012年1月，现有副主任医师2名、主治医师2名、住院医师3名、中医师4名、护理师2名、护士15名。学科培养中西两方面人才，每年派出人员在省内外省级医院进修学习，形成梯队结构合理，整体实力雄厚，为重点学科发展夯实了基础。科室设有门诊、住院部、内镜诊疗中心，拥有奥林巴斯290电子内镜系统、幽门螺旋杆菌检测仪等设备。擅长中西医结合诊治各种食管炎、慢性胃炎、溃疡病、胰腺炎，功能性胃肠病，肠易激综合症、各种慢性肝病，急慢性腹泻，慢性胆囊炎及胆石症等消化系统常见病，取得明显疗效。在抢救各种消化道出血、急性重症胰腺炎及诊治肝硬化顽固性腹水、溃疡性结肠炎、克罗恩病等达到市内先进水平。
内镜诊疗中心秉承“发现一例早癌、挽救一条生命、幸福一个家庭”宗旨，积极开展消化道精细化检查，早癌筛查，为县域内广大群众造福。开展的内镜下胃肠ESD、EMR、贲门失弛缓症，内镜下扩张及PEOM治疗、食管扩张术、食管支架植入术、各种消化道出血病人的内镜下止血治疗、各种消化道异物的取出术等技术已走在了省内县级医院的前列。
科室多次举办“河湟谷地区消化论坛”、“大通县消化论坛”，邀请省内外专家授课。开展省级科研课题2项，参与省级科研1项并取得科研成果，开展三新项目12项，取得省内优秀三新项目4项，在国家期刊发表论文4篇，省级期刊发表论文8篇，多次参加国家级、省级早癌诊疗比赛，并取得优异成绩。